GROMACS程序文档

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

GROMACS程序选项概述

GROMACS各类程序(功能分类)

分析轨迹

gmx gangle - 计算角度(翻译: 杨宇) 原始文档
gmx distance - 计算两个位置之间的距离(翻译: 姚闯) 原始文档
gmx freevolume - 计算自由体积(翻译: 姜山) 原始文档
gmx sasa - 计算溶剂可及表面积(翻译: 白艳艳) 原始文档
gmx select - 打印选区的通用信息(翻译: 陈珂) 原始文档

创建拓扑与坐标文件

gmx editconf - 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)(翻译: 严立京) 原始文档
gmx protonate - 结构质子化(翻译: 杜星) 原始文档
gmx x2top - 根据坐标生成原始拓扑文件(翻译: 阮洋) 原始文档
gmx solvate - 体系溶剂化(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx insert-molecules - 将分子插入已有空位(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx genconf - 增加”随机”取向的构象(翻译: 李卫星) 原始文档
gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子(翻译: 李继存) 原始文档
gmx genrestr - 生成索引组的位置限制或距离限制(翻译: 廖华东) 原始文档
gmx pdb2gmx - 将PDB坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件(翻译: 冯佳伟) 原始文档

运行模拟

gmmx help - 打印帮助信息 gmx grompp- 生成运行输入文件(翻译: 杨旭云) 原始文档
gmx mdrun - 执行模拟, 简正分析或能量最小化(翻译: 王浩博) 原始文档
gmx convert-tpr - 生成修改的运行输出文件(翻译: 王卓亚) 原始文档

查看轨迹

gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹(翻译: 王卓亚) 原始文档
gmx view - 在X-Windows终端显示轨迹(翻译: 杨旭云) 原始文档

处理能量

gmx enemat - 从能量文件中提取能量矩阵(翻译: 赵丙春) 原始文档
gmx energy - 将能量写入xvg文件并显示平均值(翻译: 姚闯) 原始文档
gmx mdrun - 利用-rerun选项(重新)计算轨迹中每帧的能量(翻译: 王浩博) 原始文档

转换文件

gmx editconf - 转换和操控结构文件(翻译: 严立京) 原始文档
gmx eneconv - 转换能量文件(翻译: 李继存) 原始文档
gmx sigeps - 将C6/12或C6/Cn组合转换为sigma/epsilon组合, 或反过来(翻译: 韩广超) 原始文档
gmx trjcat - 连接轨迹文件(翻译: 李继存) 原始文档
gmx trjconv - 转换和操控轨迹文件(翻译: 黄灏) 原始文档
gmx xpm2ps - 将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM(翻译: 黄丽红) 原始文档

各类工具

gmx analyze - 分析数据集(翻译: 李昊) 原始文档
gmx dyndom - 结构旋转的内插和外推(翻译: 李耀) 原始文档
gmx filter - 轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画(翻译: 李继存) 原始文档
gmx lie - 根据线性组合估计自由能(翻译: 王燕) 原始文档
gmx morph - 构象间的线性内插(翻译: 杨宇) 原始文档
gmx pme_error - 根据给定的输入文件估计使用PME的误差(翻译: 张爱) 原始文档
gmx sham - 根据直方图计算自由能或其他直方图(翻译: 李卫星) 原始文档
gmx spatial - 计算空间分布函数(翻译: 刘建川) 原始文档
gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
gmx tune_pme - 计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置(翻译: 嘉晔) 原始文档
gmx wham - 伞形抽样后进行加权直方分析(翻译: 陈珂) 原始文档
gmx check - 检查并比较文件(翻译: 冯佳伟) 原始文档
gmx dump - 生成人类可读的二进制文件(翻译: 黄丽红) 原始文档
gmx make_ndx - 制作索引文件(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx mk_angndx - 生成用于gmx angle的索引文件(翻译: 白艳艳) 原始文档
gmx trjorder - 根据到参考组原子的距离对分子排序(翻译: 李培春) 原始文档
gmx xpm2ps - 将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM(翻译: 黄丽红) 原始文档

结构间的距离

gmx cluster - 对结构进行团簇分析(翻译: 姚闯) 原始文档
gmx confrms - 叠合两个结构并计算RMSD(翻译: 李耀) 原始文档
gmx rms - 计算与参考结构之间的RMSD及其矩阵(翻译: 王育伟) 原始文档
gmx rmsf - 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子(翻译: 杨旭云) 原始文档

结构中的距离随时间的变化

gmx mindist - 计算两组间的最小距离(翻译: 王燕) 原始文档
gmx mdmat - 计算残基接触映射图(翻译: 陈辰) 原始文档
gmx polystat - 计算聚合物的静态性质(翻译: 杜星) 原始文档
gmx rmsdist - 计算-2, -3或-6次平均的原子对距离(翻译: 冯佳伟) 原始文档

分布性质随时间的变化

gmx gyrate - 计算蛋白质的回旋半径(翻译: 黄丽红) 原始文档
gmx msd - 计算均方位移(翻译: 赵丙春) 原始文档
gmx polystat - 计算聚合物的静态性质(翻译: 杜星) 原始文档
gmx rdf - 计算径向分布函数(翻译: 严立京) 原始文档
gmx rotacf - 计算分子的转动相关函数(翻译: 韩广超) 原始文档
gmx rotmat - 计算叠合到参考结构的旋转矩阵(翻译: 李继存) 原始文档
gmx sans - 计算小角中子散射谱(翻译: 李耀) 原始文档
gmx saxs - 计算小角X射线散射谱(翻译: 李继存) 原始文档
gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
gmx vanhove - 计算Van Hove位移及相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档

分析键合相互作用

gmx angle - 计算键角和二面角的分布及相关(翻译: 陈辰) 原始文档
gmx mk_angndx - 生成用于gmx angle的索引文件(翻译: 白艳艳) 原始文档

结构性质

gmx anadock - 根据Autodock运行计算团簇结构(翻译: 白艳艳) 原始文档
gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋(翻译: 王燕) 原始文档
gmx clustsize - 计算原子团簇的尺寸分布(翻译: 康文斌) 原始文档
gmx disre - 分析距离限制(翻译: 严立京) 原始文档
gmx hbond - 计算分析氢键(翻译: 杨旭云) 原始文档
gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量(翻译: 张爱) 原始文档
gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴(翻译: 李继存) 原始文档
gmx rdf - 计算径向分布函数(翻译: 严立京) 原始文档
gmx saltbr - 计算盐桥(翻译: 罗健) 原始文档
gmx sorient - 分析溶质周围的溶剂取向(翻译: 李继存) 原始文档
gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化(翻译: 李继存) 原始文档

动力学性质

gmx bar - 利用Bennett接受比率方法计算自由能差的估计值(翻译: 陈珂) 原始文档
gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx dos - 分析态密度及相关性质(翻译: 韩广超) 原始文档
gmx dyecoupl - 从轨迹中抽取染料动力学(翻译: 李继存) 原始文档
gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴(翻译: 李继存) 原始文档
gmx tcaf - 计算液体的粘度(翻译: 肖慧芳) 原始文档
gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
gmx vanhove - 计算Van Hove位移及相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx velacc - 计算速度自相关函数(翻译: 刘建川) 原始文档

静电性质

gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
gmx dielectric - 计算频率相关的介电常数(翻译: 白艳艳) gmx dipoles - 计算总偶极及其涨落(翻译: 曹锟) 原始文档
gmx potential - 计算盒子内的静电势(翻译: 陈珂) 原始文档
gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化(翻译: 李继存) 原始文档
gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子(翻译: 李继存) 原始文档

蛋白质分析

gmx do_dssp - 指定二级结构并计算溶剂可及表面积(翻译: 杨旭云) 原始文档
gmx chi - 计算chi和其他二面角的所有信息(翻译: 黄炎) 原始文档
gmx helix - 计算α螺旋结构的基本性质(翻译: 李卫星) 原始文档
gmx helixorient - 计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向(翻译: 陈辰) 原始文档
gmx rama - 计算Ramachandran图(翻译: 杜星) 原始文档
gmx wheel - 绘制螺旋轮图(翻译: 李继存) 原始文档

界面

gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋(翻译: 王燕) 原始文档
gmx density - 计算体系的密度(翻译: 阮洋) 原始文档
gmx densmap - 计算二维的平面或轴径向密度映射图(翻译: 姚闯) 原始文档
gmx densorder - 计算表面涨落(翻译: 李卫星) 原始文档
gmx h2order - 计算水分子的取向(翻译: 嘉晔, 严立京) 原始文档
gmx hydorder - 计算给定原子周围的四面体参数(翻译: 王浩博) 原始文档
gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量(翻译: 张爱) 原始文档
gmx potential - 计算盒子内的静电势(翻译: 陈珂) 原始文档

协方差分析

gmx anaeig - 分析简正模式(翻译: 李继存) 原始文档
gmx covar - 计算并对角化协方差矩阵(翻译: 王浩博) 原始文档
gmx make_edi - 生成主成分动力学抽样的输入文件(翻译: 严立京) 原始文档

简正模式

gmx anaeig - 分析简正模式(翻译: 李继存) 原始文档
gmx nmeig - 对角化简正模式分析的Hessian矩阵(翻译: 杨旭云) 原始文档
gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹(翻译: 王卓亚) 原始文档
gmx nmens - 根据简正模式生成结构系综(翻译: 杨宇) 原始文档
gmx grompp- 生成运行输入文件(翻译: 杨旭云) 原始文档
gmx mdrun - 搜索势能最低点, 计算Hessian矩阵(翻译: 王浩博) 原始文档

GROMACS选区(selection)语法及用法

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